Cho đến 2005, giáo dục đại học đã thiết lập các bằng Cử nhân, Thạc sĩ và Tiến sĩ nhưng đại đa số theo niên chế, chỉ có một vài trường thí điểm theo chế độ tín chỉ. Từ năm 2006 bắt đầu thiết lập một số trường (khoảng 7 trường) theo tín chỉ, và đến 2010 đa số các trường ứng dụng đào tạo theo tín chỉ.

Từ năm 2012, nhà nước Việt Nam bắt đầu tích cực cải cách hệ thống giáo dục đại học bằng việc trao thêm quyền cho các trường đại học. Điều 32 Luật Giáo dục Đại học số 08/2012/QH13 được Quốc hội thông qua ngày 18/6/2012 quy định "Cơ sở giáo dục đại học tự chủ trong các hoạt động chủ yếu thuộc các lĩnh vực tổ chức và nhân sự, tài chính và tài sản, đào tạo, khoa học và công nghệ, hợp tác quốc tế, bảo đảm chất lượng giáo dục đại học. Cơ sở giáo dục đại học thực hiện quyền tự chủ ở mức độ cao hơn phù hợp với năng lực, kết quả xếp hạng và kết quả kiểm định chất lượng giáo dục.". Điều 36 luật này cũng quy định "Hiệu trưởng cơ sở giáo dục đại học tổ chức biên soạn hoặc lựa chọn, duyệt giáo trình giáo dục đại học để sử dụng làm tài liệu giảng dạy, học tập trong cơ sở giáo dục đại học trên cơ sở thẩm định của Hội đồng thẩm định giáo trình do hiệu trưởng cơ sở giáo dục đại học thành lập.", tuy nhiên "Bộ Giáo dục và Đào tạo tổ chức biên soạn giáo trình sử dụng chung các môn lý luận chính trị, quốc phòng - an ninh để làm tài liệu giảng dạy, học tập trong các cơ sở giáo dục đại học"[10]. Các lãnh đạo hàng đầu của Chính phủ Việt Nam bày tỏ sự ủng hộ tự chủ đại học và yêu cầu thúc đẩy nhanh hơn nữa tiến trình này[11]. Tuy nhiên có ý kiến cho rằng các trường đại học Việt Nam chưa đủ năng lực và thiếu sự sẵn sàng cho việc tự chủ[12][13], các điều khoản trong Luật Giáo dục Đại học cho thấy quyền tự chủ của các trường đại học khó có thể trở thành hiện thực vì có quá nhiều điểm hoàn toàn trái với tinh thần tự chủ đại học hoặc mơ hồ đến độ không thể thực thi[14]. Năm 2014, theo đề xuất, sẽ có bốn trường đại học công lập thử nghiệm cơ chế mới: tự chủ tài chính.

Tuy nhiên, đến năm 2015, số lượng người có trình độ đại học trở lên thất nghiệp vào khoảng 199,4 nghìn người, chiếm 17,4% số người thất nghiệp, cho thấy việc đào tạo không gắn liền với nhu cầu thị trường lao động, cùng với đó là những bất cập trong công tác phân luồng, hướng nghiệp cho học sinh ngay từ bậc phổ thông. Phần lớn sinh viên đã tốt nghiệp còn yếu về chuyên môn, thiếu năng lực thực tiễn và khả năng thích ứng trong môi trường cạnh tranh. Trong khi con số cử nhân thất nghiệp lên tới gần vài chục nghìn mỗi năm thì có tới 75% đến 90% số học viên tốt nghiệp các trường trung cấp, cao đẳng nghề có việc làm ngay. Đây bị xem là hệ quả của việc bỏ qua nhiệm vụ phân luồng và hướng nghiệp cho học sinh ngay từ bậc phổ thông[15].